این مسجد دارای شبستان مردانه با ظرفیت 250 نفر، 150 نفر ظرفیت شبستان زنانه و دارای سالن اجتماعات 240 متری است، ضمن آن که 69 متر آن مربوط به کتابخانه و قرائتخانه و 68 متر آن را کلاس های آموزشی تشکیل می دهد. مسجد پیامبراعظم(ص) علاوه بر دفاتر بسیج، آبدارخانه، کفشداری و سایر ملزومات یک مسجد، دارای سه دستگاه بالابر مي باشد كه ظرفیت 12 نفر را به صورت هیدرولیک برای جابه جایی بانوان، آقایان و حمل بار دارد.

فضای مسکونی برای روحانی و خادمان این مسجد 183 متر مربع  پیش بینی شده است. هنگام ورود به هر سه در ورودی اصلی این مسجد، شش لنگه در چوبی مزین به نقوش اسلامی مشاهده می شود که در کنار آن نیز چهار ورودی برای آقایان و بانوان، با هشت لنگه در با استفاده ازچوب راش و گردو ساخته شده و طرح های چوبی مزین به اسماء الهی در فضاهای مسجد به کار رفته است.